Institutions having works by Martin Mayer:
- Städtische Galerie im Lenbachhaus, München
- Staatliche Graphische Sammlung, München
- Museum für Kunst- und Kulturgeschichte, Schleswig*
- Museum Pfalzgalerie Kaiserslautern, Kaiserslautern*
- Theodor-Zink-Museum bzw. Stadtmuseum Kaiserlautern
- Kunstmuseum der Stadt Albstadt, Albstadt
- Wilhelm Hack Museum, Ludwigshafen
- Kunsthalle, Mannheim
- Landesmuseum, Mainz
- Deutsches Freimaurermuseum, Bayreuth
- Jüdisches Museum, Rendsburg
- Museum Georg Schäfer, Schweinfurt
- Städtische Galerie, Speyer
- Historisches Museum der Pfalz, Speyer
- Museo Nacional del Prado, Madrid
- ReichsstadtMuseum, Weißenbug i.By.
- Saarland Museum – Moderne Galerie, Saarbrücken
- Stadtarchiv, Weißenbug i.By.
- Sammlung Lamerdin, Wiesloch
- Sammlung Lütze, Sindelfingen